我的2011

痛心疾首的书单:

今天闲来看看2011年Amazon的书单,少的可怜,不甘心又去翻了当当跟china-pub,加上学习用的也才十几本… 自己是不是该反省反省了? 好在Kent share我的dropbox中的电子书看了不少,谢谢Kent~

就推荐2本书,《这些人,那些事》《浪潮之巅》

奔波的生计:

为了将来能走更远,笔试,面试。从WH到SZ在到HK,身边的人从小林子、班花换到坤姐、调度妹,毛班长再到实验室聪明绝顶的大师兄,“憨厚老实”的二师兄以及“表现很善良”的小师兄,可爱的室友与kuma&buta,我觉得每一步走的又忐忑又安心。忐忑是因为没自信,安心是因为有你们那么多的关心和帮助…

 “苦逼”的生活:

寝室->食堂->实验室->寝室… 从来没变过,Never!

住的地方从20平米的免费单人卧室,到10平米4人间800CNY/mon的上铺,最后是4平米5000HKD/mon的单间,我有时候躺下听着窗外飚车党的马达会淡定的告诉自己,这日子跟新闻联播说的一样真是越过越好了…

我觉得我越写越tmd想怨妇在倒苦水?已经2够了,不能再2了,想想这么好的生活学习环境,我哪有资格挑剔?   免费的图书馆,Lab强大的资源,聪明勤奋的师兄,严厉的老板… 哎呦,就像大师兄跟我解释老板的理论“做不出东西来,只能说明你没努力嘛”.

2012呢,有很多期待,估计那些期待也等着我的努力吧?

 

嗯,想想明天的group meeting, 今天不用回家了…

 

关于SAM格式中的Flag [Sequence Alignment/Map]

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写,目的是为了个大家提供一个序列比对的通用格式,方便后续处理。SAM.pdf官方文档

ILLUMINA-57021F:5:1:1361:5913#0 81 chr9 103745559 0 40M chr11 51579596 0 ATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCA bT^bbTT`_ccac`caa^bccccccccdddddc^Yad XT:A:R NM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:2172 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:40

这个是由Fawn同学提供的SAM格式的比对结果的其中一行(这里就不扯每行的含义了),第二列就是SAM的Flag,它是按位来描述序列的比对模式,方向等信息。官方文档是这么说的,“Field <flag> is a bitwise flag. The meaning of predefined bits is shown in the following table:”

牢骚,忽略之...【就为了wp的table展示阿,我到现在还没睡...愤恨阿,这点比Joomla差远了...】

[table id=1 /]

1. Flag 0x02, 0x08, 0x20, 0x40 and 0x80 are only meaningful when flag 0x01 is present.
2. If in a read pair the information on which read is the first in the pair is lost in the upstream analysis, flag 0x01 should
be present and 0x40 and 0x80 are both zero.

这个注解是说,第2,4,6,7,8,10位有效的前提是,第一位必须是1

例子中的81换算成二进制就是00001010001(不足11位,首位位补0【转换方法这里

从表格中可以看出:

这条比对信息的就是说它是个PE测序的【第一位是1】

并且比对到reference上是反向的【第五位是1】

它本身是这对序列的1#【第七位是1】

后续处理关于验证这个flag,分别从位来判断比对的结果信息,要判断哪一位,就用2^(n-1) AND Flag,返回1就是true,0就是flase

扛不住了,睡觉...

正版VISTA VS 盗版XP

某日W师兄在其VISTA的本本上装tassel的时候发着牢骚:

W: 小师妹,你说这Vista怎么这么慢?现在tassel也装不上阿?
L: 不知道阿,你是不是中毒了?java环境装了没有?
W: 没有病毒。Vista系统的兼容性好差阿,而且系统特别慢,还是XP好唉,$%&*@#^%
L: 那你就换成XP呗,我这里有盘的
W: 可惜你那XP是盗版的阿,我总不能卸了正版Vista去装盗版XP…$%&*@#^%
….

.

许久之后,我装完java、tassel,对W总结:你嫌弃Vista不好用,想装XP的这种心理就像你有老婆但嫌弃她不够好又去找小3快活,最后既不跟老婆离婚也不跟小三结婚一样。

整个实验室其他人那个汗呀…

PS:tassel是分析连锁不平衡的软件,想跟我师兄交流的同学留下Email。